KB v lednu 1990 převzala od svého SBČS pobočkovou síť se všemi klienty, platební styk a 53procentní podíl na úvěrovém trhu. Na české straně na ní také přešla většina obchodních činností SBČS. K jejím hlavním problémům zpočátku patřil vysoký objem rizikových úvěrů a nevyhovující struktura aktiv a pasiv.
O dva roky později se banka přeměnila na akciovou společnost a v červenci 1995 vstoupily akcie banky na mezinárodní kapitálové trhy. V červnu 2001 odprodala česká vláda šedesátiprocentní státní podíl v Komerční bance francouzské Société Générale za 40 miliard korun. V KB drží významné podíly rovněž další zahraniční akcionáři.
V roce 2006 banka převzala od německé společnosti BHW Holding AG 40 procent akcií stavební spořitelny Modrá pyramida, čímž rozšířila pole působnosti i o stavební spoření. Ke konci roku 2010 nabyla účinnosti přeshraniční fúze sloučením Komerční banky a Komerční banky Bratislava.
